Tuy nhiên, phá thai bằng thuốc vẫn có thể gây vô sinh và các tác dụng phụ khác nếu bạn tự ý thực hiện việc phá thai một mình mà không tham khảo ý kiến của các bác sĩ sản phụ khoa. 

Dù Phá thai bằng thuốc có ưu điểm hơn Nạo thai, phá thai khi không can thiệp trực tiếp vào cổ tử cung thì vẫn dễ bị băng huyết, đau bụng và gây mệt mỏi. Đặc biệt, nếu dùng không đúng cách theo chỉ dẫn của bác sĩ thì dễ dẫn đến những “biến chứng” nặng nề như sẩy thai giữa chừng, nhau thai không hết, băng huyết, hậu quả ghê gớm nhất là khi bạn không có khả năng “làm mẹ”. Các tác dụng bất lợi có thể gặp là: 

- Dị ứng với thuốc: có thể nhẹ như nổi mề đay, mẩn ngứa hoặc nặng như khó thở, choáng, tụt huyết áp. 

- Không áp dụng được đối với các thai phụ đang mắc các bệnh nội khoa nặng, đang tiến triển . 

- Một số ít trường hợp có tình trạng ra máu nhiều khi vào kỳ kinh kế tiếp, đôi khi cần phải nhập viện điều trị. Để đảm bảo an toàn khi phá thai bằng thuốc đòi hỏi thai phụ phải tuân thủ lịch tái khám, nhằm đảm bảo chắc chắn thai đã chết và đã được tống xuất hoàn toàn, không có tình trạng sót thai hay sót nhau dẫn đến tình trạng ra máu dây dưa có thể làm thai phụ bị thiếu máu và nhiễm trùng.

Những điều cần lưu ý khi áp dụng phương pháp phá thai bằng thuốc:

Trước khi áp dụng phương pháp phá thai bằng thuốc, thai phụ cần được tư vấn để hiểu rõ qui trình dùng thuốc, các dấu hiệu báo động sảy thai, hiện tượng sảy thai sẽ diễn ra như thế nào và cung cấp kiến thức ngừa thai để không quá lo lắng khi có sự cố, tuân thủ tái khám theo đúng hẹn và nhất là có kế hoạch ngừa thai hiệu quả sau đó để tránh phải phá thai nhiều lần.

Chị em phụ nữ chúng ta, nhất là các bạn gái đang ở tuổi vị thành niên cần lưu ý rằng phá thai bằng thuốc là một tiến bộ y khoa, giúp giảm thiểu tai biến khi phải Phá thai, ít để lại di chứng cho khả năng sinh sản hơn là phá thai thủ thuật, tuy nhiên không nên lạm dụng phương pháp này để bỏ thai thường xuyên.

Việc bỏ thai nhiều làn, dù bằng phương pháp nào, cũng làm thành tử cung bị suy yếu, có thể dẫn đến khó có thai, hỏng thai hay thai làm tổ bất thường (thai ngoài tử cung), nhau thai bám bất thường (nhau tiền đạo, nhau cài răng lược).. là những vấn đề sản khoa ảnh hưởng đến sức khỏe của cả mẹ và con.

Ngoài ra di chứng tâm lý sau mỗi lần bỏ thai, có thể làm thay đổi thái độ và hành vi tình dục của các em, có thể gây khó khăn cho cuộc sống tình cảm trong tương lai.